Voilà maintenant plusieurs années que des évènements étranges et inexpliqués se produisent un peu partout à travers le globe, des évènements qui se rapportent de près ou de loin à certains aspects des sciences marginales : maladies rares, cryptozoologie, transhumains avec des capacités extraordinaires etc. Cette série "d'expériences" plus ou moins insolite est appelée "le projet" et se trouve étroitement liée à la multinationale Massive Dynamic - une compagnie de pointe dans la recherche et les hautes technologies - mais également aux recherches que les Drs. Wilcox et Strauss ont entamés dans les années 80.
Afin d'élucider ces affaires mystérieuses qui dépassent notre imagination, le Gouvernement a mis en place une cellule bien spéciale, une cellule top secrète nommée "Fringe Division". Composée d'agents de diverses organisations gouvernementales, cette division fait son possible pour expliquer l'inexplicable et restaurer la paix dans un monde complètement paniqué par des faits improbables qui ne peuvent arriver que dans les films de science-fiction.
Par ailleurs, dans l'autre monde, la "Fringe Division" lutte pour préserver son univers des failles qui s'y trouvent depuis plus d'une dizaine d'années, des brèches occasionnaient par le portail du professeur Strauss. Là-bas, ce sont des dizaines de personnes qui disparaissent chaque jour dans des vortex dévastateurs et des dizaines d'autres qui se retrouvent figées dans l'ambre utilisée pour les quarantaines, des quarantaines mises en place pour stopper la propagation des déchirures.
Dans les deux mondes, on se bat pour sauver les siens, pour faire en sorte que la justice règne mais seules quelques personnes influentes sont conscientes qu'un autre univers coexiste avec le leur. Alors que dans le notre on se concentre sur les évènements liés au "projet", dans l'autre les attaques contre notre planète ont déjà commencées. Nos doubles savent qu'un jour viendra où il ne restera qu'une seule et unique dimension et ils sont déterminés à faire en sorte que cette dimension soit la leur. Certains de leurs agents sont déjà parmi nous, œuvrant à la destruction de notre univers. La guerre des mondes a commencé, dans quel camp serez-vous ?